小作坊食品生产许可证办理流程如下： 申请。申请人在相关政务系统中填报申请资料； 受理。对申请资料进行审查，对符合要求的出具受理通知书； 审核。
、其它相关证明文件（如：员工健康证、检验员证等）。
法律主观：申请小作坊食品生产许可证时，首先要办理公司登记，申办 个体工商户 的营业执照，并准备必要的设备、仪器。然后向当地的质监局提出申请，质监局受理申请后，将会派人到现场审核，并对食品进行抽检。
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